微生物快速檢測儀的檢測速度因儀器類型和檢測原理不同而有所差異，常見的微生物快速檢測儀檢測速度如下：

        ATP 熒光檢測儀：基于螢火蟲發光原理，利用 “熒光素酶 — 熒光素體系” 快速檢測三磷酸腺苷（ATP）。通過 ATP 拭子裂解細胞膜釋放細胞內 ATP，使其與特異性酶反應產生光，再用熒光照度計檢測發光值，十幾秒即可得出檢測結果。

        病原微生物快速檢測系統：采用特異性 PCR 技術，一些產品可在 90 分鐘內完成檢測。如果結合增菌步驟，*短可在 8 小時增菌后進行檢測，平均 24 小時能得到結果。

        實時光電微生物快速檢測儀：以 Soleris NG 為例，是通過監控微生物生長代謝引起的 pH 值和其他生化反應變化給出產品微生物檢測的定性或定量結果，每 6 分鐘記錄一次光度值，相比傳統平板計數方法能更早預警產品微生物污染。

        在線微生物檢測儀：如 BactoSense 在線微生物檢測儀，作為一款自動在線流式細胞儀用于飲用水微生物監測，可在 20 分鐘內計數 99% 的細菌。

        致病菌分子檢測系統：結合了 DNA 等溫擴增和生物熒光檢測技術，通常也能在較短時間內，比如數小時內完成檢測。